漳州南山寺作为禅宗喝云派的祖庭，得于亘信禅师，禅师25岁那年，在福清黄檗山费隐通容处得法后南下闽南，住持南山寺。他人寺后大力弘法，经常聚众开讲，宣扬佛法，听者一次比一次多，直到千人集会，常住僧人也与日俱增，达到五百之众，故特制一座大灶，放置一大锅，人称“千人鼎”，现存厦门南普陀寺。聚集于漳州南山寺的这一批临济宗僧人以亘信禅师为首形成佛门一大宗派——喝云派，现今南山寺为喝云祖庭，南山寺附属殿堂清泰寺为喝云堂盖源于此。

    亘信禅师住持南山寺跨明清两代，直至清朝顺治年间，其徒子徒孙不乏高僧，法嗣遍布漳厦泉，厦门南普陀，泉州开元寺，南安雪峰寺等寺院当时都是奉南山寺为祖庭。以后，随着门户开放，喝云派又分灯到马来西亚、新加坡、菲律宾，现在名气很大的马来西亚槟城极乐寺，新加坡龙山寺、菲律宾大乘愿寺都曾经是南山寺的下院。漳州南山寺在海内外有如此巨大影响，亘信禅师功不可没。

    南山寺自唐朝陈邕献家宅为寺庙起，至明朝亘信和尚执掌道场为止，寺庙规模不断扩大、完整。南山寺辉煌时期，亘信又一度住持福清黄檗寺、福州雪峰寺、福州庆城寺、泉州承天寺、泉州延福寺、南安雪峰寺，在福建各大寺庙统理大众，振兴道场，是福建佛教发展史上一位重要人物。