据说，南明永历十五年（1661年），郑成功率师东征，收复台湾。出征前到东宫向保生大帝许愿，请大道公随船护航助战，收复台湾后重建东宫。可台湾收复后，青礁已是清朝治下，无法还愿。于是，郑成功命在台南学甲镇建造慈济宫。从此，吴真人就在台湾生根。郑成功的“忠贞军”的闽南子弟约定在每年三月十五日在学甲遥祭大陆的祖宫，称之为“上白礁”，成为惯例，延续至今。如今，台湾有供奉保生大帝的宫庙200多座，善信甚众。