2005年10月4日，在石室禅院药师专修法会期间，天空出现三道彩虹，一端凝聚成观世音菩萨圣像就在现琉璃塔所在的位置（当时只是一片空地），久久方散去。在西方三圣与东方八大菩萨中都有观世音菩萨，往生东方净土和中品以上往生西方净土可见到观世音菩萨，修药师还是弥陀净土时有观世音菩萨显现。所以后来禅院在此修建琉璃宝塔。石室禅院琉璃宝塔又称观音功德堂，为六角宝塔，共七层。塔第一层主供千手观音菩萨、地藏王菩萨，并放置三宝弟子历代祖先功德牌位及祈福消灾的怨亲债主牌位。